code.utils package

Submodules

code.utils.basic_utils module

code.utils.basic_utils.check_output_and_run(outfile, command, stdin_file=None, stdout_file=None)

code.utils.basic_utils.copy_input(config)

code.utils.basic_utils.get_files_with_ext(in_dir, extension='fa')

code.utils.basic_utils.init_dirs(config)

code.utils.basic_utils.make_dir(file)

code.utils.blast_utils module

code.utils.blast_utils.check_bl_out(in_fasta, in_xml)

code.utils.blast_utils.combine_blast_xml(in_files, out_file)

code.utils.blast_utils.make_blastdb(in_fasta, config)

code.utils.get_longest_transcript module

code.utils.get_longest_transcript.get_longest_transcript(input, output, gene_start, trans_pattern='\\.[0-9]+')

code.utils.split_fa module

code.utils.split_fa.split_fasta(input, outdir, num_seqs, suffix='fa')

Module contents