code.pipeline package¶
Submodules¶
code.pipeline.clean_input module¶
-
code.pipeline.clean_input.clean_input(config_input, config_pipline)¶
code.pipeline.make_aggregate module¶
-
code.pipeline.make_aggregate.aggregate_datasets(config)¶
-
code.pipeline.make_aggregate.clean_duplicate(config)¶
-
code.pipeline.make_aggregate.clean_redundant(config)¶
code.pipeline.mixed2gaf module¶
-
code.pipeline.mixed2gaf.filter_mixed(config)¶
-
code.pipeline.mixed2gaf.mixed2gaf(config)¶
code.pipeline.run_argot2 module¶
-
code.pipeline.run_argot2.convert_blast(config)¶
-
code.pipeline.run_argot2.download_argot2(config)¶
-
code.pipeline.run_argot2.process_argot2(config)¶
-
code.pipeline.run_argot2.run_hmmer(config)¶
-
code.pipeline.run_argot2.submit_argot2(config)¶
code.pipeline.run_iprs module¶
-
code.pipeline.run_iprs.iprs2gaf(config)¶
-
code.pipeline.run_iprs.run_iprs(config)¶
code.pipeline.run_mm_preproc module¶
-
code.pipeline.run_mm_preproc.compile_blast_out(config)¶
-
code.pipeline.run_mm_preproc.make_tmp_fa(config)¶
-
code.pipeline.run_mm_preproc.make_uniprotdb(config)¶
-
code.pipeline.run_mm_preproc.process_fasta(config)¶
-
code.pipeline.run_mm_preproc.run_uniprot_blast(config)¶
code.pipeline.run_pannzer module¶
-
code.pipeline.run_pannzer.copy_blast(config)¶
-
code.pipeline.run_pannzer.run_pannzer(config)¶
code.pipeline.run_rbh_blast module¶
-
code.pipeline.run_rbh_blast.get_rbh_annotations(config)¶
-
code.pipeline.run_rbh_blast.make_input_blastdb(config)¶
-
code.pipeline.run_rbh_blast.outcols= '6 qseqid sseqid qlen qstart qend slen sstart send evalue bitscore score length pident nident gaps'¶ Make the blast database for the input sequence first
-
code.pipeline.run_rbh_blast.run_tair_blast(config)¶
-
code.pipeline.run_rbh_blast.run_uniprot_blast(config)¶