code.utils package¶
Submodules¶
code.utils.basic_utils module¶
-
code.utils.basic_utils.check_output_and_run(outfile, command, stdin_file=None, stdout_file=None)¶
-
code.utils.basic_utils.copy_input(config)¶
-
code.utils.basic_utils.get_files_with_ext(in_dir, extension='fa')¶
-
code.utils.basic_utils.init_dirs(config)¶
-
code.utils.basic_utils.make_dir(file)¶
code.utils.blast_utils module¶
code.utils.get_longest_transcript module¶
-
code.utils.get_longest_transcript.get_longest_transcript(input, output, gene_start, trans_pattern='\\.[0-9]+')¶
code.utils.split_fa module¶
-
code.utils.split_fa.split_fasta(input, num_seqs, outbase=None, suffix='fa')¶